Con el fin de evitar impactos mayores sobre el paisaje a través de la construcción de un bloque único que irrumpa por su volumen continuo la fisonomía escénica del Ayllú, el proyecto se compone de distintos cuerpos independientes unos de otros. Se trata de una suma de pequeñas construcciones que conforman una ciudadela a escala de las construcciones del lugar buscando vistas hacia el paisaje circundante.
Así, el diseño del Hotel busca generar espacios de descanso y contemplación del paisaje, combinando la tradición de la arquitectura atacameña con el uso de tecnología y equipamiento contemporáneo. Las 
obras respetan las formas y estilos propios de arquitectura de la zona, estando construidas y revestidas en adobe, barro o piedra, e incorporando elementos naturales como, caña, paja, brea y otros. Sus terminaciones son simples, respetando la estética local.
Sólo en zonas húmedas, como baños, cocina o lavadero se usó hormigón y cerámicos a fin de obtener adecuada impermeabilidad. Para los pavimentos, en tanto, se privilegió el uso de piedras provenientes de canteras.
Una plaza de acceso actúa como punto de encuentro, luego de la cual se distinguen los espacios de servicio con una circulación vehicular y peatonal segregada que abastecen a los grandes lugares públicos: la recepción, el living con su vista a el volcán Licancabur y el comedor, con vista a la Cordillera de la Sal y la huerta. Estos lugares son interconectados por un sendero que une todo el proyecto de oriente a poniente por un paseo que organiza los patios que agrupan las habitaciones todas orientadas al norte. Dentro de este paseo se organiza el SPA con la piscina.
Un proyecto sustentable
El uso eficiente de recursos es una característica de Kunza Hotel & Spa, y en la sustentabilidad encuentra la mejor forma de proteger el desierto de San Pedro de Atacama.
Kunza cuenta con cuatro generadores de electricidad, que abastecen al Hotel y permiten un uso racional de la energía, siempre bajo las normas y parámetros de eficiencia energética, cumpliendo los más altos estándares de generación que existen hoy en Chile. Para disminuir el impacto y a la vez mermar las emisiones de carbono, el Hotel recicla el calor emanado
por los generadores, reconvirtiéndolo en energía (calor) para calefaccionar los distintos espacios del hotel, y básicamente las aguas.
El uso del agua en San Pedro de Atacama es un desafío, por lo que se cuenta con un pozo de agua, planta de Osmosis para su purificación, y plantas integrales de tratamientos de efluentes, lo que garantiza altos estándares en la calidad del agua para consumo, en la pureza del agua para riego, y especialmente en la optimización de las cantidades de agua que se extrae, todo para mitigar y cuidar uno de los recursos más ricos, limitados y cuidados por todos: el agua.
La relación de Kunza Hotel & Spa con la comunidad de San Pedro de Atacama es fluida, integral y comprometida en la preservación de las riquezas naturales de la zona. El Hotel ha comprometido un acuerdo de producción limpia a través de la comunidad, lo que garantiza un crecimiento sustentable de la zona, a la vez que cuida y desarrolla a sus integrantes.
